常用的格式有FAT,FAT32,NTFS
下面我根据自己的经验简单介绍一下
FAT用在早期的系统上，如DOS等,现在所说的FAT一般都指FAT32
FAT32用在Win98以上的操作系统上
NTFS诞生较晚，只能用在WinXp和Win2000以上的系统上
现在主要说他们的区别
根据个人使用经验，建议使用FAT32格式，因为它的兼容性最好，NTFS的特点是安全，比较实际的用途是可以给文件夹加密，但基本没什么用。如果系统有什么问题想进入Dos的话，NTFS格式就成了垃圾，应为他不支持Dos，你无法在Dos下访问NTFS分区，FAT32格式的分区可以在Dos下自由访问。

1、什么是NTFS－新(N)技术(T)文件(F)系统(S)？

想要了解NTFS，我们首先应该认识一下FAT。FAT(File Allocation Table)是“文件分配表”的意思。对我们来说，它的意义在于对硬盘分区的管理。FAT16、FAT32、NTFS是目前最常见的三种文件系统。
FAT16：我们以前用的DOS、Windows 95都使用FAT16文件系统，现在常用的Windows 98/2000/XP等系统均支持FAT16文件系统。它最大可以管理大到2GB的分区，但每个分区最多只能有65525个簇（簇是磁盘空间的配置单位）。随着硬盘或分区容量的增大，每个簇所占的空间将越来越大，从而导致硬盘空间的浪费。
FAT32：随着大容量硬盘的出现，从Windows 98开始，FAT32开始流行。它是FAT16的增强版本，可以支持大到2TB（2048G的分区。FAT32使用的簇比FAT16小，从而有效地节约了硬盘空间。
NTFS：微软Windows NT内核的系列操作系统支持的、一个特别为网络和磁盘配额、文件加密等管理安全特性设计的磁盘格式。随着以NT为内核的Windows 2000/XP的普及，很多个人用户开始用到了NTFS。NTFS也是以簇为单位来存储数据文件，但NTFS中簇的大小并不依赖于磁盘或分区的大小。簇尺寸的缩小不但降低了磁盘空间的浪费，还减少了产生磁盘碎片的可能。NTFS支持文件加密管理功能，可为用户提供更高层次的安全保证。

2、什么系统可以支持NTFS文件系统？

只有Windows NT/2000/XP才能识别NTFS系统，Windows 9x/Me以及DOS等操作系统都不能支持、识别NTFS格式的磁盘。由于DOS系统不支持NTFS系统，所以最好不要将C:盘制作为NTFS系统，这样在系统崩溃后便于在DOS系统下修复。
NTFS与操作系统支持情况如下：
FAT16 windows 95/98/me/nt/2000/xp unix，linux，dos
FAT32 windows 95/98/me/2000/xp
NTFS windows nt/2000/xp

3、我们需要NTFS吗？

Windows 2000/XP在文件系统上是向下兼容的，它可以很好地支持FAT16/FAT32和NTFS，其中NTFS是Windows NT/2000/XP专用格式，它能更充分有效地利用磁盘空间、支持文件级压缩、具备更好的文件安全性。如果你只安装Windows 2000/XP，建议选择NTFS文件系统。如果多重引导系统，则系统盘（C盘）必须为FAT16或FAT32，否则不支持多重引导。当然，其他分区的文件系统可以为NTFS。

4、如何将FAT分区转换为NTFS？

Windows 2000/XP提供了分区格式转换工具“Convert.exe”。Convert.exe是Windows 2000附带的一个DOS命令行程序，通过这个工具可以直接在不破坏FAT文件系统的前提下，将FAT转换为NTFS。它的用法很简单，先在Windows 2000环境下切换到DOS命令行窗口，在提示符下键入：D:＼>convert 需要转换的盘符 /FS:NTFS。如系统E盘原来为FAT16/32，现在 需要转换为NTFS，可使用如下格式：D:＼>convert e: /FS:NTFS。所有的转换将在系统重新启动后完成。本人推荐使用此法进行转换！